Сюжет игры крутится вокруг фал’Си — расы, существовавшей ещё до возникновения человечества. Люди, отмеченные фал’Си ради высших целей, носили имя л’Си. Около тринадцати веков назад мистический Кристалл приказал фал’Си сотворить рай для людей. Был построен город в виде раковины под названием Кокон, который до сих пор витает в воздухе над поверхностью мира Пульс, в котором после этого появился собственный Кристалл. Кристал Кокона создал жизнь и машины для своих жителей, и народ начал процветать. Со временем люди Кокона начали бояться за свой мир, бояться, что он может упасть с неба. В настоящее время глуши Пульса отрицательно влияют на людей и Святое Правительство Кокона приняло решение изолировать всех людей, попавших под это влияние. Женщина с кодовым именем Молния стала той избранной Кристалла, которая должна стать врагом человечества и положить конец Кокону.