Игра объединяет персонажей из миров Уолта Диснея с персонажами из игр Squaresoft, кроме того, специально для неё были созданы новые персонажи, про которых и повествует сюжет.

Сора попадает в неизвестное место, где полом являются витражи с изображениями различных женщин (принцесс сердца) из диснеевских мультфильмов, таких как Белоснежка, Спящая красавица, неизвестный голос говорит что нужно сделать очень много, но времени очень мало — «So little time. So much to do». После чего перед Сорой возникает выбор — что сделать главным, и от чего отказаться — сила, магия и защита. Каждый вариант выбора повлияет на его характеристики в будущем.

После чего его засасывает пустота и выбрасывает на другой витраж, где на него нападают черные тени (Бессердечные, Heartless). После серии битв на него нападает тень очень больших размеров, и поэтому, чтобы победить её, приходится бить её по рукам. После повержения этой тени, пустота снова засасывает его.

Сора просыпается, и игра начинается на Островах судьбы, Destiny Islands.

Главные персонажи игры — Сора, Дональд Дак и Гуфи. Характеристики Соры настраиваются в начале игры; при выборе, какой атрибут будет главным, а от какого придется отказаться, такие как сила, защита или магия. Часть характеристик может быть усилена во время игры различными предметами и экипировкой.

Единственный персонаж, управляемый игроком — Сора, в то время как остальные управляются компьютером, кроме того можно задавать их поведение и использование ими предметов. Дональд и Гуфи — единственные управляемые компьютером персонажи, доступные в каждом мире. В некоторых мирах к команде могут присоединиться персонажи, специфичные для данного мира, однако они заменяют Дональда или Гуфи. Например, в Halloween Town к команде может присоединиться Джек Скеллингтон (англ. Jack Skellington), но он не может следовать за игроком в других мирах. Также в некоторых мирах (а конкретно в Атлантике и городе хэллоуина) Сора меняет свой костюм на более подходящий.

Так как действие игры происходит в различных диснеевских мирах, встречается большое количество различных диснеевских персонажей из них, кроме того есть камео нескольких других персонажей, например щенки из мультфильма Сто один далматинец, в квесте, заданием которого является собрать всех 99 щенков вместе.